Университет основан в 1991 году.
НаУКМА выступила соучредителем ряда международных образовательных организаций - CIVITAS International, Artes Liberales, Сети университетов стран Черноморского региона, Консорциума университетов Центрально-Восточной Европы, Сети европейских университетов последипломного образования, Международной ассоциации президентов университетов и является активным их членом. Особое место занимает деятельность НаУКМА в учреждении Европейского коллегиума украинских и польских университетов. Одним из результатов участия в упомянутых просвещенских объединениях являются стремление ускорить процесс интеграции Украины в европейское и мировое сообщество, понимание важности сотрудничества в мировoм контекcте, эффективноcть объединенныx уcилий и возможноcтей, определениe оcобых критериeв и показателeй качеcтва прeподавания, заимcтвование новыx мeтодик и концeпций и иx внедрениe в НaУКМА.
Общая концепция научных исследований в НаУКМА - "Украина: человек, общество, природа" - это целостная система исследовательских работ, направленных на изучение актуальных проблем гуманитарного, общественного и естественного профилей. В университете формируются и успешно развиваются научные школы под управлением известных научных работников:
- "История украинской философии" - созданная профессором, доктором философских наук Виленом Горским. После его смерти это научное направление возглавляет заведующий кафедрой философии, профессор, доктор философских наук Марина Ткачук.
- "Принцип верховенства права и проблемы его реализации" - профессор, доктор юридических наук, заслуженный юрист Украины Николай Козюбра;
- "Теория методологии и методов социологических исследований" - профессор, доктор философских наук Владимир Паниотто;
- "Исследование социальных процессов в современном обществе, социальной структуры и социальных трансформаций" - профессор, доктор философских наук Валерий Хмелько;
- "Экономическое развитие" - профессор, доктор экономических наук Юрий Бажал;
- "Международная экономика" - профессор, доктор экономических наук Игорь Бураковский;
- "Моделирование финансовых процессов: бюджетная политика, монетарная политика, финансовая аналитика" - профессор, доктор экономических наук Ирина Лукьяненко;
- "Мембранология", созданная профессором, доктором химических наук Михаилом Бриком. После его смерти это научное направление возглавляет заведующий кафедрой химии, доцент, кандидат химических наук Анатолий Бурбан.
Каждый год в последнюю неделю января в университете проходят "Дни науки НаУКМА". Это форум, на котором подбивают итоги многочисленных научных мероприятий (конференций, семинаров, докладов) и наиболее масштабных научных исследований года, который прошел, обсуждают планы на будущее, открывают новые имена молодых талантливых исследователей, проводят междисциплинарные дискуссии по острейшим проблемам настоящего. "Дни науки НаУКМА" - это неделя, насыщенная встречами научных работников за круглым столом, общением специалистов разных специальностей.
В НаУКМА появилась Премия имени Петра Могилы, которую Ученый совет присуждает за весомые научные исследования, которые оказывают содействие развитию гуманитарных, общественных и естественных наук, утверждают высокий авторитет университетской науки на международном уровне и опубликованные как монографии, энциклопедии, книги, учебники, учебные пособия, циклы научных работ и т.п.
За время существования НаУКМА ее научные работники опубликовали свыше 3000 работ. С 1996 года университет начал издавать сборник "Научные записки НаУКМА". Свой первый десятилетний юбилей издание встретило, имея свыше 80 тематических выпусков, и почти все они включены ВАК Украины в "Перечень научных профессиональных изданий Украины, в которых могут публиковаться результаты диссертационных работ для получения научных степеней доктора и кандидата наук". Второе научное периодическое издание НаУКМА - "Магистериум".
Стратегическим планом развития НаУКМА до 2015 года признана потребность трансформации НаУКМА в научно-учебное учреждение соответственно принципиальной основе органического объединения обучения и научной работы в системе высшего образования.