Институт основан в 1992 году.
Сегодня институт готовит специалистов практически по всем специальностям, которые необходимы для украинского военного флота, по единой государственной системе образования на двух уровнях: тактическом и оперативно-тактическом. С 1 сентября 2000 года в институте была начата подготовка младших специалистов в военно-морском колледже.
Севастопольский военно-морской институт им. П.С. Нахимова в своей структуре имеет: командный факультет, который готовит офицеров оперативно-тактического уровня подготовки, два факультета, где учатся курсанты - будущие офицеры флота, военно-морской колледж по подготовке младших специалистов и два факультета по подготовке кадров для гражданского флота.
С 2001 года институт начал подготовку военных специалистов иностранных государств.
Институт готовит военных специалистов по планам и программам, которые отвечают государственным стандартам по образовательно-квалификационному уровню "специалист" со сроком обучения 5 лет по специальностям: радиоэлектронные комплексы, системы и средства вооружения и военной техники, компьютеризированные комплексы, системы вооружения и техники войск; эксплуатация корабельных энергетических установок, кораблевождение надводных кораблей и подводных лодок и т.п.
Теоретические знания курсанты закрепляют на кораблях и в частях Военно-Морских Сил ВС Украины во время прохождения практики и стажировки, а также в ходе международных обучений. Стали традиционными ежегодныe дальниe штурманcкие поxоды нa учебныx катераx пo маршpуту Севаcтополь - Конcтанца - Ваpна - Стaмбул - Тузлa - Севаcтополь, с поcещением военно-морcких учебныx заведeний иноcтранных государcтв.